微波杀菌相对传统杀菌工艺而言，微波杀菌设备造价低，占地面积小，自动化程度高，操作简单，劳动力少，无需要配备锅炉压力锅。
香菇酱微波杀菌效果好，微波能穿透包装深入食品的内部，内外同时杀菌处理，利用微波破坏微生物的机体，使组织变性，最终导致微生物的死亡；利用微波杀菌的香菇酱食品细菌指数可完全达到食品卫生安全标准，并且能保持原有色、香、味，破坏营养成分很少，产品口感好。