豆类中的致甲状腺肿胀因子虽然不影响人体的成长，但研究表明它能使人体甲状腺素的合成受到阻碍。在大豆制品中加入微量碘化钾可以消除这种影响。温热处理也能使这种物质消失一部分。
  肠胃胀气因子是由于大豆含有的棉籽糖和水苏粮所造成的。由于人体消化道不产生半乳糖苷酶和果粮苷酶，所以这些糖不能被不体肠胃吸收，当它们到达下部肠道后，经大肠细菌的发酵作用，产生二氧化碳，氢气及少量甲烷，引起肠胃气胀现象，表现为恶心，腹泻，肚子咕咕作响及排气等。
  在大豆中也像在谷类中一样含有植酸。植酸能与铜，锌，铁，镁等元素结合，这结植物自身来说，具有重要的生物学意义，因为被列为的无机盐元素可以稳定地存在于种子中，这是大豆在保护自己珍贵的营养成分，为了繁殖后代，供自己将来发芽，为下一代植株提供营养的需要。但对于食用大豆时这些营养成分因为被植酸所结合而无法利用。处理方法是把大豆适当发芽，比如在25度的水中浸泡，促使发芽，变成被人体利用的状态。此外把大豆制成豆浆或豆腐过过程中，由于磨浆前要经过长时间的浸泡，据测定，经6个小时浸泡就能使大豆的植酸酶活性上升，植酸被分解，提高了钙，锌，铁，镁等无机元素的利用率。利用大豆浸泡，发芽这一生化现象和生物学原理去除植酸。
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